兒童病房內，除一般病房應有的配備外，中央氧氣系統、抽痰系統、氧氣加溫器、噴霧器，均為常備器材，且每個床位都有急救設備，另病房亦有專屬的呼吸治療師，為罹患呼吸道疾病之病童抽痰，以治療呼吸道疾病。隔離單位有小兒、新生兒加護病房、兒童癌症病房等三個單位，加護病房及中重度病房設備非常齊全，有各種生命現象監視儀、呼吸器、輻射保溫臺、保溫箱、微量點滴注射幫浦、高頻呼吸器、移動式保溫箱、一氧化氮呼吸治療機、多用途超音波檢查儀等，用以幫助重症病童度過生命中最大的考驗。關於嬰兒室，我們的設備極為完善，包括有母乳冷凍櫃、高壓奶瓶消毒鍋、保溫箱、急救車、新生兒處理台、照光架、黃疸測定儀等，每日並由護士衛教哺育幼兒的知識。本部亦有專屬超音波、內視鏡室及肌電圖室提供完善的檢查服務，以及與醫院其他部門良好的合作。