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藍先元醫師擅長於各種憂鬱症、思覺失調症、躁鬱症、雙極性情感症、以及失智症的診治。思覺失調症的成因可能來自遺傳基因、生活壓力、或是大腦結構改變。精神疾病在台灣常被忽視，延誤治療。藍醫師指出，雖精神疾病治療進步很多，但侷限於某些藥理作用，或效果不彰。再者，現有藥物或有嗜睡、動作遲緩、顫抖、僵硬、或代謝異常等副作用。藍醫師的研究團隊期望找出更安全的天然物以治療精神疾病。
主治睡眠障礙、職業壓力、菸酒藥癮、強迫症、恐慌症、自律神經失調。具有睡眠專科醫師、成癮專科醫師、及職業臨廠服務醫師資格。曾接受精神分析式之心理治療訓練，可提供精神官能症在藥物治療之外的選擇。臨床服務與科學研究表現俱佳，於 2007 年獲台北市聯合醫院最佳醫師獎，2015年獲台灣大學傑出畢業生獎，2018年獲中國附醫優良醫師獎及教學優良獎。分別於2018年及2019年獲美國酒精與酒癮國家研究院與芬蘭科學院合作研究獎助，並於2019年獲台灣成癮科學會年輕研究者獎。
