中國醫藥大學附設醫院於 2006 年六月成立「中國醫藥大學附設醫院分子醫學中心」 (Center for Molecular Medicine, China Medical University Hospital)，特聘當時美國德州大學安德森癌症中心副校長，現任中國醫藥大學校長洪明奇院士擔任榮譽主任領導分子醫學中心，借重洪院士豐富的研究知識與經驗以及高瞻遠矚的研發視野，冀盼分子醫學中心與國際的生物醫學研究接軌，朝向世界頂尖的醫學研究中心邁進。2016年延攬在美國俄亥俄州辛辛那提大學醫學院任職的王紹椿教授返台擔任本中心研究員兼副主任乙職，以增強本團隊的學術能量，促進與國際學術接軌。
本中心的研究主要涵蓋兩大方針，包括基礎生物學及轉譯醫學。藉由深入探討基礎生物醫學相關研究的分子機轉，推動基礎生物科技知識應用於臨床醫學研究，以診斷、預防及治療癌症相關疾病、增進國人健康為宗旨。
本中心除與校院內其他研究團隊分享研究資源，提升本校院研究競爭力，並積極拓展與其他國內外大學及研究機構的交流合作，爭取國家型及大型研究計畫，培育未來科學研究領導人才，冀盼成為前瞻性研究機構與優秀人才之培育中心。
願景
本中心將與校院研究團隊分享研究資源，以提升研究競爭力。並積極拓展與其他國內外大學及研究機構的交流合作，爭取國家型及大型研究計畫，培育未來科學研究領導人才，冀盼成為前瞻性研究機構與優秀人才之培育中心。
使命
本中心聚焦基礎生物學及轉譯醫學兩大研究方針，藉由深入探討基礎生物醫學相關研究的分子機轉，推動基礎生物科技知識應用於臨床醫學研究，以改良診斷、預防及治療癌症相關疾病為宗旨、以增進國人之健康福祉。