為了實現創院宗旨，融合中西醫學的精華，本院於 1987 年 4 月 16 日在王廷輔院長的規劃下創立「中西合作醫療中心」，一方面設立中西醫聯合門診，由資深中醫與西醫專科醫師共同為病人看診；另一方面，積極招募人才，聘任中西醫兼修的醫師。
中西醫兼修的醫師在醫學養成教育中，主修中醫及西醫兩種課程，畢業後通過國家考試，取得中醫及西醫兩種資格，可以在台灣各醫療機構選擇從事西醫或者中醫。進入本單位的醫師，接受完整的西醫專科醫師訓練，取得專科醫師證照，還必須完成中醫住院醫師訓練，始能晉升為主治醫師。因此，我們每一位醫師都具有中醫及西醫的專業知識，可提供病患多面向卓越的全人醫療服務。
2008 年 3 月，因應醫院整體發展及中醫住院醫師養成教育的調整，本單位與中醫部門整併，改名「中西醫結合科」，持續提供優質的中西醫結合醫療服務。
「中西醫結合科」是全國首創且是本院一大特色，強調傳統醫學與現代醫學的精華融合，臨床上可依病人病情需要，給予合適的醫療方法來改善病情。中西醫結合的特色不僅是中西藥物搭配，更重要的是融合傳統醫學的精華與現代醫學的知識，提供以病人為中心的全人醫療服務。
中西醫結合的發展是屬於團隊工作，目前本單位已有中西醫結合皮膚科、新陳代謝科、小兒科、耳鼻喉科及神經內科的人員，未來要拓展的科別是中西醫結合腫瘤科、腎臟科、以及免疫風濕科。
本科負責醫院見實習醫師及學校的中西醫結合課程，未來我們希望有更多優秀的生力軍加入中西醫結合的行列，壯大研究、教學及服務的實力，增進國際的學術交流，提升醫療水準，讓中西醫結合成為主流醫學新的治療模式。