消化系統疾病泛指發生在口腔、食道、胃、小腸、大腸、肝臟、膽囊、膽管、胰臟及腹膜等臟器的疾病。消化系統疾病的臨床表現，除了消化系統本身的症狀外，也常伴有其他系統或全身性症狀的表現。
由於內視鏡診斷治療技術的進步，許多消化系統疾病除了可以經由消化道內視鏡診斷之外，也可以經由消化道內視鏡得到完全的治療。許多內視鏡治療技術已經取代傳統的手術治療。本院於 1999 年 10 月成立消化系內視鏡診斷治療中心。內視鏡診斷治療中心由消化系內視鏡專科醫師、消化系領域專家及專業技術師組成的內視鏡診斷治療團隊，引進最先進的內視鏡設備及技術，發展領先的內視鏡治療技術，提供病患最安全有效的治療。同時，結合介入性放射診療科、一般外科、大腸直腸外科、與耳鼻喉科團隊，擴大治療範圍，提供病患最專業優質的醫療服務。
消化系內視鏡診斷治療中心 傳統內視鏡
一般我們接受內視鏡檢查，所使用的儀器是傳統式的上消化道內視鏡(俗稱胃鏡)及大腸鏡。
上消化道內視鏡從食道、胃、十二指腸，進到小腸的前段區。大腸鏡從肛門進去，經直腸、結腸 〈大腸〉、盲腸至到小腸的末端區。因此，很多上下消化道的疾病，可以經由內視鏡檢查並診斷。傳統的內視鏡不但可以用來診斷消化道疾病（例如：發炎、潰瘍、癌症、阻塞）， 也可以用來治療疾病（例如：內視鏡止血及異物取出治療）。
進階內視鏡診斷與內視鏡治療
本院內視鏡診斷治療中心除了擁有傳統式的內視鏡，也添購最先進完整的醫療設備：包括逆行性膽胰管內視鏡、膽道鏡（SpyGlass DS）、雙腔內視鏡、小腸鏡、膠囊內視鏡、內視鏡超音波，以及最先端的進階診斷內視鏡（放大內視鏡、窄頻影像內視鏡Narrow Band Imaging）。除了一般與進階內視鏡的檢查與治療，我們提供最先進領先的治療內視鏡術，包括：息肉切除術、黏膜切除術、黏膜下層剝離術、經口內視鏡食道肌肉切開術、食道胃腸膽道擴張術、消化道金屬支架置放術、乏特氏乳頭切開及取石術、壺腹腫瘤切除術、膽道金屬支架置放術等。
消化道擴張術及金屬支架置放術
消化道擴張治療及內視鏡金屬支架置放用來治療包括腫瘤及其它良性狹窄所造成的阻塞。
乏特氏乳頭切開及取石術
對於膽胰道結石、狹窄、腫瘤之病患，利用膽胰管內視鏡術，進行內視鏡切開取石等治療。
壺腹腫瘤切除術
對於壺腹良性腫瘤及早期惡性腫瘤之病患，利用膽胰管內視鏡術，進行內視鏡腫瘤切除治療。
膽道鏡術
對於不明原因的膽道狹窄、性質不明的膽道腫瘤、膽胰管內視鏡術取石失敗的困難或巨大結石等，可藉最先進的膽道鏡（SpyGlass DS）獲得確定診斷與治療。
無法觀看請點選
膽道巨石難取出？ 膽道腫瘤難診斷？
治療有新解！導管式膽道內視鏡術能震碎治療膽道結石、
也能早期診斷膽道惡性腫瘤
傳統內視鏡術不易治療成功的膽胰管巨石
內視鏡逆行性膽胰管攝影術（ERCP）是將十二指腸鏡推送至十二指腸乳突（膽胰管開口）處，再經十二指腸鏡將導管放入膽道或胰管內，並注入顯影劑來確認結石或腫瘤阻塞的位置和嚴重程度。除了確定診斷結石大小及數目外，傳統內視鏡術也能一併將結石直接取出或碎石後取出。不過仍有少部分的膽道結石無法用傳統內視鏡膽胰管術順利治療，像是巨大結石、無法被碎石的硬結石、或膽道結構異常狹窄等，必須改由手術或其他方式治療。
膽道巨石治療新選擇 新式膽道內視鏡術診斷治療成功率近9成
「導管式膽道內視鏡手術」，即是目前膽胰管腫瘤或結石的治療新選擇。它像微創手術一樣，搭配十二指腸鏡，透過極細的拋棄式內視鏡導管(3.5 mm)，進入膽胰管內進行直視下的診斷與治療。
膽道內的巨大結石，透過傳統膽胰管攝影術取石失敗者，或患者年齡及身體狀況不適合手術者，建議使用導管式膽道內視鏡手術，不僅能將巨大結石震碎後順利取出，病人術後恢復期也短，更不需承受傳統手術的風險及併發症，是巨大及困難膽道結石患者的治療新選擇。
另一方面，膽胰管惡性腫瘤因國人平均餘命延長，發生率逐漸上升，過往透過傳統內視鏡逆行性膽胰管攝影術進行膽道腫瘤切片，診斷率只能達到50%到60%。雖然有血液或影像學檢查作為診斷參考，但唯有準確取得足夠的病理組織才能做最正確的病理診斷。
導管式膽道內視鏡手術與傳統膽胰管攝影術最大的差別在於，傳統膽胰管造影術利用注射顯影劑，在放射線顯影透視下，間接觀察膽胰管內的病灶；而最新的導管式膽道內視鏡能深入膽胰管內，直接清楚觀察膽胰管內的病灶。根據文獻報告，導管式膽胰管內視鏡的診斷準確率可高達90％。
早期診斷與治療 效益最大化
目前本院已引進「導管式膽道內視鏡手術」，透過細心專業的ERCP醫師團隊，提供病患最先進完整的診斷與治療。
內視鏡超音波診斷及治療
內視鏡超音波是內視鏡合併超音波探頭的先進儀器。只要病灶靠近消化道，不管是消化管壁裡面或外面，都有機會近距離透過超音波觀察病灶，可以不受腸氣、軟組織或骨頭的干擾，對病灶做更精確的判斷與推測。。若腫瘤無法有明確診斷的，也有機會透過內視鏡超音波細針穿刺術，取得檢體，獲得明確診斷，遂行後續治療，如食道、胃黏膜下腫瘤，縱膈腔腫瘤及胰臟腫瘤等。內視鏡超音波也可用在胰臟偽囊腫的引流治療。內視鏡超音波在評估惡性腫瘤侵犯深度有重要參考價值，可提供臨床治療的依據，使治療不偏離準則。
雙氣囊式小腸內視鏡診斷及治療
傳統內視鏡不容易檢查小腸小腸疾病：如小腸腫瘤、發炎性腸炎、血管病變、小腸黏膜病變等。雙氣囊小腸鏡是由一條 200 公分的內視鏡和一條 145 公分的外套管所構成。利用小腸鏡及外套管的兩個氣囊反覆充氣消氣及前進後退來進行小腸檢查， 針對病兆能反覆觀察、沖洗、切片檢查或施予治療，是目前唯一能對全小腸做非手術之觀察及治療的方式。然而雙氣囊小式小腸鏡檢查時間較久，病人往往需要鎮靜或麻醉，操作者有放射線曝露的問題。
膠囊內視鏡
膠囊內視鏡外形似膠囊大小，內含前端攝影機、影像感應傳輸器和精密電池。 吞服下的膠囊內視鏡後， 不斷拍攝胃腸道的影像，並將所有影像資料傳送至體外之無線傳輸接受器。膠囊內視鏡雖可達到全小腸觀察之目的，但針對病兆無法反覆觀察，亦無法施行切片檢查或治療 。膠囊內視鏡及雙氣囊小腸鏡的發展改變了胃腸科醫師對小腸疾病的診斷與治療，然而沒有一種檢查是完美無缺的，膠囊內視鏡無痛簡便卻無法治療，雙氣囊小腸鏡雖免於手術，但過程冗長及病患的不適仍難以避免。
內視鏡黏膜切除術及內視鏡黏膜下剝離術
針對各種早期腸胃道腫瘤可經由內視鏡黏膜下腫瘤剝離術( Endoscopic submucosal dissection，簡稱ESD)治療，其適應症包括各種早期下咽癌、早期食道癌、早期胃癌、早期大腸癌，扁平大腸腺瘤及巴瑞特氏食道等，此外對於各種腸胃道的黏膜下腫瘤，例如間質瘤，神經內分泌腫瘤，類瘤，異位性胰臟，脂肪瘤等亦可使用內視鏡黏膜下腫瘤剝離術來治療。對於食道弛緩不能症的患者，可使用經口內視鏡食道肌肉切開術 (Per-Oral Endoscopic Myotomy，簡稱POEM)根治。除此之外，對於嚴重食道逆流的患者，可實行內視鏡減酸術(Anti-Reflux Mucosectomy，簡稱ARMS)治療。
聲脈衝輻射力技術(ARFI)
是一種可以在進行超音波檢查的同時，測量您的肝臟硬度有多少的一種安全可靠，而且不是侵入性的超音波技術。它的原理，主要是以超音波，去測量您的肝臟組織，在超音波推進時，橫向剪切波的速度，我們獲得的數字是以每秒多少公尺為單位。在大多數的測量情況下，這個速度越大，代表您的肝臟的硬度，理論上應該越大。這個速度，事實上，也忠實、簡單、精準的反映了您的肝臟的纖維化，也就是幾乎等同於膠原蛋白質等的量。只有在少數不到百分之五到十的測量情況下，還需要特別考慮，包括例如超音波衰減、肝臟發炎、流體動靜力壓高、黃疸等因素，對於肝臟硬度(測量)的影響，還需要特別進行解讀和討論。在未來包括科技精進、模組普及、成本下降、演算法則等等持續演進的情況下，「硬度測量」更將成為在所有已知方法中，最簡單、精準、最非侵入性的趨近肝臟纖維化定量的模式。