本院眼科隨著醫院規模的擴大及歷屆主任：吳俊雄、鄭英明、白佳欣、陳宏任和蔡三章醫師的耕耘，及現任蔡宜佑主任之努力，已擴編為眼科部，並個別成立眼科次專科中心。
一般眼科包含屈光不正的配鏡、結膜炎、針眼及一般外傷處理，且每位醫師皆專長白內障手術，本院擁有最先進的檢查儀器和設備，更是中部地區困難白內障手術的轉介中心。
兒童眼科由林慧茹醫師擔任科主任，與崔永平和謝宜靜醫師共同負責，不僅是中台灣地區早產兒視網膜病變醫療中心，並有設備齊全的近視、弱視、斜視及視知覺異常的治療訓練中心。
青光眼暨視神經次專科由陳幸宜與邵儀菁醫師主持。擁有全台最先進的檢查儀器，並特聘洪伯廷教授指導，是中部地區青光眼醫療中心及轉介中心。
本院視網膜中心，陣容堅強，擁有中部地區最多的視網膜科醫師，由陳文祿科主任、林正明、林純如、田彭太、郭鐘元和賴俊廷醫師負責，不斷引進最新、最先進的檢查儀器及手術技術。是中部地區兩大玻璃體視網膜中心之一，也是視網膜剝離和糖尿病視網膜病變轉介中心。
本團隊提供各種視網膜疾病的外科手術及雷射治療，如視網膜撕裂或剝離、後期糖尿病視網膜病變、玻璃體出血、巨大型視網膜剝離、黃斑部裂孔、黃斑部皺褶、玻璃體黃斑部牽引、外傷及增生型玻璃體視網膜病變等。
亦針對各種視網膜疾病提供藥物治療，如年齡相關性黃斑變性 （包括脈絡膜血管新生和息肉狀脈絡膜血管病變）、糖尿病性視網膜病變、視網膜血管疾病（包括視網膜靜脈阻塞、視網膜動脈阻塞）和中央漿液性脈絡膜視網膜病變等。
葡萄膜位在視網膜與鞏膜中間，眼內炎症指的即是葡萄膜發炎。葡萄膜包含了許多血管提供眼睛血流，供應眼球養分，葡萄膜炎可能會損害視力。葡萄膜炎常和系統性疾病，尤其是自體免疫疾病相關。
本科不但擁有齊全的診斷工具及方法協助治療，且與本院內科部風濕免疫科密切合作，可提供各種藥物治療，例如類固醇和瞳孔擴張劑，可以減輕發炎與控制疼痛；口服藥物或注射治療在嚴重的發炎，可能也是必要的。
眼科整形是指眼部的塑形與重建。眼整型美容科由江鈞綺與吳映萱醫師主持，為中部地區眼部整形美容重鎮，也是眼窩腫瘤手術轉介中心。
依每個人不同的需求，運用我們的專業與美感，提供量身訂做的手術方式。
本院是最早成立準分子雷射屈光手術部門的醫學中心，針對各種屈光不正，尤其是高度近視或散光，不想戴眼鏡的人，提供另一種治療方式，術後效果顯著，深獲好評。
另外角膜塑型術 (Ortho-K) 是使用硬質透氣性隱形眼鏡通過重塑角膜來改善視力，通常只在晚上配戴。可以作為屈光手術或是不想在白天配戴眼鏡的替代方案，更是少數被證實控制兒童近視的有效方法，不同於手術，額外好處是完全可逆。因此，不僅安全，還可隨著患者不同視力矯正的需求，保留不同的選擇性。