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臨床方面具有完整的眼科八大次專科，可治療及追蹤各式各樣的眼科疾病，並有各次專科先進的檢查儀器，成為中台灣地區醫療院所的轉診中心。且積極引進各次專科最新手術及藥物治療，不斷提升眼科醫療水準與國際同步。
- 角膜 (含眼角膜移植醫療中心)
- 小兒眼科 （早產兒視網膜病變醫療中心；設備齊全的近視、弱視、斜視及視知覺異常的治療訓練中心）
- 青光眼（青光眼醫療中心）
- 眼神經
- 視網膜 (玻璃體視網膜醫療中心)，視網膜剝離和糖尿病視網膜病變的轉介醫療中心。
- 葡萄膜 （葡萄膜炎醫療中心）
- 眼整型 （眼整型美容中心與眼窩腫瘤手術轉介醫療中心）
- 屈光（準分子雷射屈光手術醫療中心）
