微生物組包涵細菌室及病毒室二科室，細菌室工作內容包涵一般嗜氧及厭氧細菌培養與鑑定、藥物敏感性試驗、血液培養、黴菌培養、結核菌培養與環境監測等；而病毒室的工作內容包括病毒培養、病毒抗原快速檢查。病毒培養是利用組織培養方法把病毒培養出來，例如腸病毒或是流感病毒，巨細胞病毒等，除了用傳統的試管培養外，另採用快速培養法--Shell vial method，對移植病人及重症病患在兩天內提供快速及時性的檢查結果。
目前有組長1人、醫檢師12人 。
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組長 ：林秀姍個人簡介 |
醫檢師：張秋份個人簡介 |
醫檢師：曾耀嬬個人簡介 |
醫檢師：張雅棻個人簡介 |
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醫檢師：徐利雲個人簡介 |
醫檢師：蘇美綺個人簡介 |
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醫檢師：林靜宜個人簡介 |
醫檢師：劉于瑄個人簡介 |
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醫檢師：李憶萱個人簡介 |
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1.為維持細菌培養結果的檢驗品質，醫檢師均受過良好的教育訓練，並定期接受能力試驗的考核。細菌鑑定部分已由自動化微生物鑑定系統，如：Bruker MALDI Biotyper及BD Pheonix取代傳統生化鑑定法，可以更快速精準的發出報告提供臨床診斷。
2.本組建立了完善的作業標準書與品質指標，定期由負責醫檢師執行文件的審核與更新，品質指標的監控與檢討則由組內管理人負責維持與監控本組的服務（時效）、業務（工作量）及作業（培養分離率、污染率或其他）等標準化的作業品質。
3.定期與內科部感染科醫師進行聯合病例討論會針對臨床上罕見或有趣的病例或菌種進行交流與溝通，促進與臨床科步的互動。
4.對於RSV、Flu.AB 、CMV、Chlamydia的病毒培養檢體及移植病患提供離心接種法(Shell vial method)的服務，即利用離心方式接種病毒，可以加強及加速病毒生長，在三天內即可提供病毒培養初步報告。
1. 各類細菌染色：革蘭氏染色、抗酸性染色、印度墨染色、黴菌染色
2. 需氧細菌培養鑑定：
革蘭氏陽性球菌(如葡萄球菌、鏈球菌…等)
革蘭氏陽性桿菌(如棒狀桿菌、李斯特菌…等)
革蘭氏陰性桿菌(如腸內菌、葡萄糖非發酵菌性革蘭氏陰性桿菌、挑剔性革蘭氏陰性桿菌…等)
革蘭氏陰性球菌(如奈瑟氏、布雷哈氏菌…等)
3. 血液培養鑑定
4. 厭氧細菌培養
5. 抗酸菌培養
6. 各類培養之藥物敏感性試驗
7. 黴菌培養鑑定
8. 其他特殊培養：(例如水中或痰液退伍軍人桿菌之培養等)。
9. 其他手工檢驗項目(抗原試驗)：
腦膜炎菌抗原試驗
新型隱球菌抗原試驗
Clostridium difficile toxin A/B抗原試驗
Legionella pneumophila尿液抗原測定
Stretococcus pneumoniae尿液抗原測定
Helicobacter pylori抗原測定
10. 病毒分離與鑑定，利用組織細胞來培養病毒。
11. 病毒抗原快速檢查，利用病毒抗原的偵測做為快速檢驗。
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FilmArray 2.0 BACTEC™ MGIT™ 960 Bruker MALDI Biotyper
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BD BACTEC™ FX GeneXpert Dx System Phoenix™ M50
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