因應疾病診斷、治療監測與預防疾病的發生，臨床檢驗在近代的醫學發展上已成為不可或缺的重要角色。臨床檢驗利用實驗室科學的方法，提供客觀反映病人身體的量化數據或報告，對於病患的照護上提供證實、排除、指引和監測等舉足輕重的醫療證據。隨者醫療的進步，病人的需求增加，對品質的要求也逐年提昇，檢測技術的突飛猛進，臨床檢驗可應用的技術亦日新月異，除了傳統的檢驗範疇如肝功能、腎功能、血液和尿液等常規檢驗外，分子檢驗針對個人化醫療，規劃各項罹癌體質基因、癌症風險基因、腦心血管風險基因檢測，加上生物醫學資訊等嶄新的領域，亦慢慢應用與融入於臨床檢驗，增加了臨床檢驗工作的複雜度，即使如此，對於檢測的正確性與即時性卻能大幅的提升，隨著醫療環境愈趨嚴峻，客戶要求愈來越高，檢驗醫學部面臨人才培育、經營與管理、成本管控等問題的挑戰。
檢驗部目前由張建國教授擔任部主任，下設血庫科、一般檢驗科(包括:生化組、血清免疫組、血液及鏡檢組)、微生物暨免疫科、分子診斷科、產學發展科與品保暨教學組等六個單位，由專科醫師和資深醫檢師分別擔任科主任，共同規劃與領導檢驗業務、教學和研究的發展方向。技術專業組別分別為血庫組、血液及鏡檢組、生化組、血清免疫組、微生物組、分生組共六組，每一組設組長，統籌執行檢驗品質管理業務、檢驗專業及全面品質管理的活動。全體工作人員目前共有86位，檢驗項目共402項，主要以服務本院的病患和醫師為主，支援體系醫院特殊檢驗，並協助中部地區各級醫院和診所委託後送的檢驗業務，另一方面接受來自世界各地的參訪或代訓醫療人員以及國際臨床試驗案的執行。從全年無休的血庫和急診檢驗作業，到健康檢查常見項目，從移植檢驗到個人化的基因檢驗，涵蓋的範疇非常廣泛，整體經營與管理上，強調專業、正確、快速和安全，此為重要核心價值，全體同仁共同積極努力提供完善優質的檢驗服務，培育檢驗優秀人才，以及努力維護實驗室與病人安全的工作使命。
檢驗部全體同仁以團隊的方式運作所有檢驗業務，透過良好的實驗室品質管理，追求創新與卓越，力求符合國際一流標準的臨床實驗室，以此願景作為本部所有同仁追求品質改善的目標，致力於與國際接軌，於民國 91 年 6 月 30 日順利通過全國認證基金會(Taiwan accreditation foundation；TAF) ISO-15189醫學實驗室認證，藉此建立了實驗室品質管理的平台，此為本部一個新的里程碑，經由實驗室認證的洗禮，在專業技術上及管理制度上全面向上提升，透過TAF定期監督評鑑與延展認證，持續維持專業能力精益求精不斷改善，2007和2010年均獲頒全國認証基金會標竿實驗室殊榮。為了讓實驗室專業技術能力達到國際水準，於民國 97 年 12 月參與美國病理學會臨床實驗室認證（Collage of American Pathology-Laboratory Accreditation Program；CAP-LAP）並順利通過，認證程序嚴謹，所有檢驗項目須外部精確度試驗評比合格，用以客觀證明檢驗系統的穩定性，完成多達2000餘條的專業技術的查檢表，確認專業技術水準和儀器設備的國際水準，檢驗醫學部的專業能力正式與國際接軌，成為名符其實的國際級的臨床實驗室。
本部2011年與兒童醫學中心及國立交通大學合作，以MALDI-TOF(Matrix Assisted Laser Desorption Ionization Time-of-flight)的技術，應用於變異型血紅素氨基酸序列鑑定，另於國際期刊雜誌發表高解析熔解分析法(High Resolution Melting；HRM)應用於乙型地中海貧血基因型的鑑別診斷的成效，此創新結合分子檢驗原理與特殊技術，2011年以「地中海型貧血暨血紅素基因病變的守護團隊」榮獲生策會國家品質標章。
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